質粒純度不高解決辦法
1.混有蛋白：不要使用過多菌體。經溶液P1、P2、P3處理，離心后溶液應為澄清的，如果還混有微小蛋白懸浮物可再次離心去除后再進行下一步驟。
2. 混有RNA：RNaseA處理不干凈，請減少菌體用量或加入溶液P3之后室溫放置一段時間。如果溶液P1已保存6個月以上，請在溶液P1中添加RNaseA。
3. 混有基因組DNA：加入溶液P2和P3后應溫和混勻，如果劇烈振蕩，可能把基因組DNA剪切成碎片從而混雜在質粒中。如果加入溶液P2后過于粘稠，無法溫和混勻，請減少菌體用量。細菌培養時間過長會導致細胞和DNA的降解，培養時間不要超過16小時。
4. P3溶液加入時間過長：P3溶液加入后，放置時間不要太長，否則有可能會產生小片段DNA污染。
5. 含大量核酸酶的宿主菌：宿主菌含大量核酸酶，在質粒提取過程中降解質粒DNA，影響提取質粒DNA的完整性，/好選用不含核酸酶的大腸桿菌宿主菌。
6. 質粒的二聚體和多聚體形式：質粒復制過程中形成的，與宿主菌相關，電泳可檢測出多條條帶，單酶切處理后可變成單一條帶。
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